天順元年(1457)，英帝復辟，大將石亨誣陷於謙某為襄王之子，導致其被冤殺。明憲宗時，於謙被復職的官員祭祀。弘治二年(1489)，追擊“蘇素”。，改施“忠義”。有《余紀》代代相傳。《明史》稱贊他“忠義，與日月爭光”。他與嶽飛、並稱為“西湖三傑”。
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於謙詩歌隱逸情懷的表達和慷慨悲涼的風格預示著詩歌氛圍的轉向。在臺閣體流行的高峰期，文人忌諱表達激烈的感情和悲傷的情緒，從而保持了其創作風格的優雅，以發揮其著名的政治作用。
於謙主張兵要精，要勇要謀，要“兵要互相學習”，“治軍者，知軍士之力，知將軍對兵之令”。創建的團營制度對明朝的軍事制度產生了重大影響。