盤古命名法可以表明突變體的地理進化位置及其與其他突變體的親緣關系。大寫的英文字母代表屬於某個分支，後面的點和數字代表來自上壹個分支的後代分支。
為避免與數字1和0混淆，字母I和O不作為前綴，而X代表重組譜系，其他任何字母均可單獨或組合作為標準分支的前綴；最多有三級數字後綴，具有三級後綴的後代將按字母順序分配給下壹個可用的字母前綴。
GISAID和Nextstrain分別根據病毒基因組的進化距離和“年份+字母”的規則命名新冠肺炎突變體。
為了避免給最先發現變異病毒的國家打上烙印，世界衛生組織發布了希臘字母命名法。
英國最早發現的B.1.1.7被命名為Alpha，南非最早發現的B.1.351是Beta，巴西最早發現的P.1是Gamma，印度最早發現的B.1.665438。
目前，盤古命名法逐漸被大多數研究者所接受，而希臘字母命名法則頻繁出現在日常報道中。