雖然OFDM具有上述優點，但是其信號調制機制也使得OFDM信號在傳輸過程中存在壹些缺點:
(1)對相位噪聲和載波頻率偏移非常敏感，這是OFDM技術的致命缺點。整個OFDM系統非常嚴格地要求子載波之間的正交性。任何小的載波頻率偏移都會破壞子載波間的正交性，造成ICI。同樣，相位噪聲也會導致符號星座點的旋轉和擴散，從而形成ICI。
然而，單載波系統沒有這個問題。相位噪聲和載波頻率偏移只會降低接收信噪比，不會造成相互幹擾。
(2)PAPR大的OFDM信號由多個子載波信號組成，這些子載波信號由不同的調制符號獨立調制。與傳統的恒包絡調制方法相比，OFDM調制具有較高的峰值因子。因為OFDM信號是許多小信號的和，所以這些小信號的相位由要傳輸的數據序列決定。
對於某些數據，這些小信號可能是同相的，但是在幅度上疊加，以產生大的瞬時峰值幅度。但是，如果PAPR過大，會增加A/D和D/A的復雜度，降低射頻功率放大器的效率。同時，在發射端，放大器的最大輸出功率限制了信號的峰值，會造成OFDM頻段內和相鄰頻段間的幹擾。
(3)要求線性範圍寬。由於OFDM系統的峰均功率比(PAPR)很大，對非線性放大更敏感，OFDM調制系統對放大器的線性範圍要求比單載波系統高。
擴展數據:
優點是:頻譜利用率高，與傳統的FDM技術相比，利用了子載波間的正交性，節省了近壹半的帶寬，具有很強的頻譜優勢。其次，它可以作為非對稱數字業務的傳輸技術，其傳輸速率隨子信道數的不同而不同。DSL，WLAN等方面都有應用。
第三，能有效抵抗多徑效應引起的ISI(符號間幹擾)和ICI(信道間幹擾)，主要基於其保護間隔和循環前綴。還有，OFDM技術的實現相對容易，因為隨著DSP的發展，IFFT可以很容易地實現信號調制。