自從神獸金剛打敗暗皇，再次冰凍之後，人類回歸了平靜的生活。沒想到，新的黑暗勢力正在悄悄進攻地球，趁其不備發出第壹顆炸彈，突如其來的蜈蚣機械獸肆虐城市。危機時刻，壹個全新的獸隊耀眼登場，打敗機械獸，拯救人類於水深火熱之中，黑暗勢力被突如其來的變故激怒，誓要鏟除地球獸隊和地球上所有的反抗勢力。與此同時，長城科學院被毀，諸神下落不明，暗皇之死，接踵而至的謎團壹壹揭開了新黑暗勢力的神秘面紗。
為了拯救龍超人葉輝，地獸戰隊聚集了地獸水晶石的能量，打開了遠古時代的大門，那裏奇山怪水，古獸雲集，地獸超人與古獸魯武、巴蜀展開了激烈的戰鬥。但最讓人擔心的情況還是發生了。黑暗勢力，吉皮將軍和復仇少女跟隨大地獸進入遠古時代。吉皮將軍將帶有戰神蚩尤基因的楓葉帶出遠古時代，醞釀新的陰謀。
在與水母機械獸的壹戰中，地球獸戰隊的生命危在旦夕，眾神戰隊及時趕到，與地球獸共同擊敗水母機械獸。諸神之隊的回歸加強了地球的守護力量，也促使黑暗勢力加快了暗月基地的建設。機械獸蚩尤的發展也接近尾聲，戰爭壹觸即發。
復雜的情節呈現出復雜、豐富、細膩的情感。楊雪對藏獒琪琪的向往，趙潔對趙燕的牽掛，復仇的少女對妹妹沙謝的執著，都是親情的等待。神土獸隊成員之間的互助合作是友誼的保衛戰。詛咒冥界和暗皇的仇恨，復仇女對皇帝的復仇，是仇恨的爆發。情感的交織讓影片中的人物更加生動飽滿，劇情扣人心弦。