每個城門都有內外兩道門，外面是從城頂降下的“千斤閘”，有堅固的防禦作用；裏面有兩扇木頭和鐵做的門。平時，行人、汽車、馬匹都從城門的洞裏穿過。
城墻四周有13門，東有朝陽門，南有聚寶、同濟、正陽(即廣化門)，西有三山、石城、梁青、定淮、宜豐門，北有太平門、廁神、金川、中福門。
正陽門(光華門)是南京城墻的十三個內門，是首都的正門。內外有復合甕，這在中國城墻建設史上是獨創的。
通濟門是南京城墻十三座內門中最大的壹座。是幸運船(魚腹)內甕門。其內部結構極其復雜，其造型在國內獨壹無二。它有壹座塔，兩條住宅區的街道和人行道，三個甕門，四個門和壹些甕洞。骨灰盒周長約690米，立面寬度約90米，均為石材。
聚寶門(中華門)是南京城墻內城十三門中的城堡式大門，規模僅次於通濟門。這是首都的南大門。中華門城堡是中國現存最大的城堡，也是世界上保存最完整、最復雜的古堡和要塞甕。
三山門(水西門)僅次於聚寶門(今中華門)，與同濟門略有相似。有三個內缸和四個門，每兩堵墻之間有缸。內罐為船形或魚腹形，用於駐軍防禦。
石城門(又名漢西門)坐東、坐西，由兩個甕城和三道門組成，均為拱券所建。
清涼門是明代南京內城的十三個城門，由壹個城門和壹個橢圓形的甕組成。
定淮門，位於外秦淮河東岸，是明代南京十三內城的城門，規格不詳。
壹豐門(鐘惺門)是從城北到南京的主要道路，其軍事地位非常重要。它是壹個單孔城門，上面有兩個了望塔。
中府門坐西朝東，差不多在義豐門對面，也是最近的兩個門。兩座城門以龍和鳳作為吉祥的象征。
金川門坐南向北，因古代金川門涵洞使金川河出市而得名。門外有金川橋，門旁設水閘，控制護城河和外金川河的流通。
與其他城門相比，廁神城門規模較小，是南京明城墻十三座內城城門中唯壹壹座左右開口的城門。它也是十三門中唯壹壹個有古外甕結構的大門，而且甕門不是對著大門，而是開在甕的東北角，所以成為十三門中最獨特的壹個大門。
太平門是南京城北的主要入口。原為單孔門，2014改建為三孔門。
朝陽門(中山門)原為單孔檢票口，1928(民國十七年)。國民政府修建中山大道迎接孫中山先生靈柩時，拆除朝陽門，挖下大門地基，重修壹座三孔磚門，改名中山門。翁城，古稱越城、曲城，是古代城市中依附於城門外側的附屬建築。大部分是半圓形，少數是長方形和正方形。外甕城門朝向不同，形成相對獨立的設施守衛城門。翁城是中國古代冷兵器時代長期戰爭實踐的產物，是中國古城墻建設工程的壹大發展，也是守衛城門的成熟建築設施。南京城墻內甕是對中國傳統甕建築舊體制的背離，它大膽地將理論上的甕內甕的設想付諸實踐，並有了很大的發展和創新。所以，內甕城的形狀，最早是由明初的南京城墻創造的。因為內甕位於城門內側，所以可以設置甕洞(即藏兵的洞穴)，把城門防禦中明顯薄弱的部分變成防禦作戰中的支撐點，這是外甕做不到的。
13門中，朝陽門、神策門各有壹個骨灰盒，石城門有兩個骨灰盒，聚寶、同濟、三山門各有三個骨灰盒。13門中，保留至今的有聚寶門、石城門、廁神門、梁青門四座。
光華門，原名正陽門，是京城的正門，裏外有壹個復合甕，在國內城墻建築史上是獨創的。
通濟門是南京十三座內城門中最大的壹座，是壹座吉祥的船形(魚腹形)內甕城門。與聚寶門(中華門)、三山門(水西門)為最高規格的三座內甕城門。
聚寶門(現稱中華門)是現存最大的城門，規模最大，東西長118.57米，南北長128米。在城的頂端，有壹座原始的木質瞭望塔，大門配有鐵門和木門。鐵門緊閉，用鉸鏈啟動。骨灰盒兩側有馬道，主城內部上下兩層及骨灰盒兩側有27個隱藏的士兵洞穴。外輪廓城略圓，周長60公裏，多為土造，現已辟為明外百裏風光帶。在南京城墻下，在河流的入口、出口和排泄處，都設置了水閘、水閘或涵洞。秦淮河的出入口分為東、西兩個水閘。東水關至今還保留著，裏外兩個城門，中間壹個鐵柵欄門，城門有三個拱門，每個拱門有11個拱門，有效地分解了城墻的重力。
玄武湖、前湖、琵琶湖、秦淮河出入口都有涵洞。閘門壹般用銅或鐵制作，方形，五孔，邊長約125 cm，內接銅或鐵涵管，直徑約95 cm。大門也裝有銅或鐵柵欄。
南京有兩個水閘，連接內秦淮和外秦淮。東水門和西水門分別位於十裏秦淮的兩端，被稱為龍頭和龍尾。1953西水關不幸被拆，只剩下東水關。東水關和西水關都是600多年前高超水利設計技術的代表。它們是明初明太祖朱元璋定都南京時進行的兩大水利工程，進行了主城建設和水系重建。
東水關
東水關位於南京城東南部，龍蟠中路通濟門橋西側，是秦淮河進入南京城的入口，也是南京城墻唯壹的船閘入口。所以，東水關自然成了十裏秦淮的龍頭。東水頭，原名上水門，建於楊武諸城。932年(太和四年，楊武)，金陵知府徐誌摩下令擴建金陵城，金陵城成為壹座在世界上享有很高聲譽的大城市。東水關就是在這次擴建中建成的。
六朝時期，東水關是通往浙江和蘇州的交通樞紐，南來北往的商人都聚集在東水關做生意。東水關雖已失去昔日的繁華和往日的喧囂，卻以其雄偉的氣勢屹立在秦淮河東端十裏之內。今天的東水關遺址主要建於明代。明初，明太祖朱元璋修建南京城。為了控制秦淮河的水位，經過精心設置，把東水關變成了月牙洞，水關三層，每層十壹券，* * *三十三券，下層十壹券，上中層二十二券，供藏兵屯糧。現在它仍然存在。
明朝為了鞏固王朝，繁榮經濟，在通濟門到南京城的主幹道上修建了壹座橋。因地處中外秦淮河交匯處，朱元璋將其命名為九龍橋，以鎖住明朝的風水，希望用龍的神奇力量來遏制南京的風水，從而使明朝的宏偉基業永遠代代相傳。清代康熙乾隆下江南，都是從九龍橋進入南京。
2001修復東水關時，保留了九龍橋的基礎，從橋面上重新鋪了壹大塊青石，橋兩側設置了80道蓮花彩雲石刻欄桿。橋兩端安裝了四個雕花石鼓，全橋用了近4000噸石料，橋基絲毫不動，可見古人精湛的造橋技術。
西水管
因為拆了很久，南京西水關不如偏遠的對口東水關有名。西水關位於水西門南側，背靠城墻上下兩層。它發揮著水利和國防兩大功能，功能設計非常精準。依靠古人的這種地下排水系統，暴雨不容易造成路面積水。明朝遷都北京後，仿照南京地下水系的清淤系統重建。所以北京每次下大雨，故宮壹般不會積水，因為它有很好的地下排水系統，這也是當時西水關、東水關等水利工程發揮的重要作用。
據《古力秦淮地名源流》考證，西水關在五代南唐時稱為下水門，明代建城時改為西水關，並設燕嶽洞。清代在下浮橋和燕嶽洞之間有壹個銀泰洞，又稱雲臺洞。1935，西水關泄洪閘建於雲臺洞舊址。建國後仍是小型防洪排澇設施。可見歷史上西水關對保護南京免受水患起到了重要作用。
除了防洪排澇，西水關在軍事、政治、經濟領域也有很大建樹。據說當時修建西水關有壹些“小機關”:西水關有兩個城門，壹座橋，壹個藏兵洞。壹個城門在城墻裏面，另壹個城門在內秦淮河的出水口。城墻下有壹條多孔的拱券進水隧道，用石頭封住，防止敵人的“水鬼”潛入城內。城墻堆在兩個城門之間。
東水關和西水關的建築布局基本相同，相互呼應。自六朝以來，夾在中間的水道就是名門望族聚居之地，商賈文人雲集，儒學興盛，最終形成了久負盛名的“十裏秦淮”。雖然東水關和西水關的建築結構是壹樣的，但是六朝以後，西水關的繁華熱鬧遠非當時的東水關所能及，與現在的情況相悖。
西水關是內秦淮河的出海口，與長江相連，有碼頭。可以算是南京“進出口”的咽喉，也是當時南京最繁忙的物資集散地。除了貨物，外地人要想從水路進入南京，必須從西水關下船，然後通過水西門進入市區。碼頭上也有檢查站，想下船的必須出示證件才能進城。這大概和洪武時期發生的“間諜案”有關，因為當時商業發達，很多外國人會到中國來。這期間發生了不愉快的事情後，進出口管理更嚴格了。西水關的繁榮也可以用考古發現來證明。20世紀80年代末，西水關出土了壹批六朝、隋唐、宋、明清時期的文物。
南京明城墻周圍的護城河(只有太平門以東的城墻外側沒有修建)是南京明城墻的重要組成部分。
護城河的水源來自秦淮河、清溪河、金川河、玄武湖、前湖和琵琶湖等。它是在城墻外疏浚挖掘河道，將河道引入城內而形成的。護城河寬闊的水面映襯著高大堅固的南京城墻，讓入侵的敵人望而生畏。
城墻現有護城河長31.159 km，城墻與護城河距離最寬處334米，最窄處9米。其實“藏兵洞”是壹個內端封閉的磚券門，戰時可用於士兵休息和存放軍用物資。
聚寶門(中華門)最南邊的墻有兩層***13，左右墻下部有七層，壹共27層。每個洞穴可以容納100多名士兵，* * *可以隱藏3000多名士兵。這種設施在中國古代其他大城市極為罕見。