玄奘法師墓塔主要分為三部分，即橋臺、塔身和塔剎。墓塔的額頭上有兩個漢字“興教”，與寺廟同名。這是唐肅宗親筆題寫的，象征著唐代佛教的興盛。寶塔正面刻有“復興古塔”四個大字，東西兩面則刻有佛教常用的祝福語“阿彌陀佛”。
實際上，玄奘法師的葬地最初並不是葬在長安縣樊川東郊。664年，唐高宗林德元年，玄奘大師在陜西浚縣玉華寺完成了他傳奇的壹生。因為玄奘大師死後為自己的安葬之地留下了遺言“擇山澗幽處，勿近宮廟”，所以唐高宗按照這遺言將玄奘大師的骨灰和遺物安葬在Xi東郊的白鹿原，但後來唐高宗每次看到白鹿原都會想起玄奘大師傷心落淚的情景。
於是在669年，唐高宗的皇後武則天主動將玄奘大師的墓移至長安以南的少陵園，也就是現在的長安縣樊川東郊，並在此基礎上修建了玄奘大師墓塔和興教寺，以紀念玄奘大師在唐代對佛教的貢獻，興教寺成為唐朝的護國寺。
此外，慈恩塔玄奘法師墓塔東西兩側還有兩座亭式實心磚塔，但都不高，只有三層。東邊的小塔是玄奘大師最重要的弟子窺基的墓塔。它建於682年，但被歲月損壞，並於829年重建。窺基的遺物埋葬在墓塔中，牌匾上刻著“基業塔”三個大字。
西邊的小寶塔是玄奘大師的另壹個重要弟子測量的墓塔。它建於北宋晚期，但其建築風格是仿照唐代的墓塔。葬於墓塔的是圓測舍利，匾上刻有“測者塔”三個大字。兩座小墓塔底部鑲嵌著石刻，記載著他們的生平事跡，現為全國重點保護文物。