水下康復治療利用水的浮力、阻力、靜水壓力和渦流來達到治療效果。此外，水溫和水深也起著重要作用。
(1)浮力
水的浮力可以減輕重量負荷，幫助病人更容易移動，減輕疼痛。在浮力的作用下，身體重量對關節的壓力也會減小，關節的活動範圍會增大。
(2)阻力
水的阻力是空氣的600-700倍，所以在水中參加康復訓練比在陸地上更能有效增強肌肉力量。
(3)靜水壓力
水的壓力可以促進血液回流，提高心血管系統的工作效率，減輕四肢腫脹。靜水壓力可以促進感覺輸入，提高本體感受(身體位置的感覺和調整)和協調性。
(4)渦流
水的漩渦是水受到擾動時的隨機運動，對患處有按摩止痛的作用。渦流的這種特性也可以為治療提供不同水平的阻力。根據伯努利原理，水流速度增大，壓力相應減小。
(5)溫度
對於緊張和酸痛的肌肉，溫水可以改善患處的血液供應，有助於放松。在水下康復治療中，水溫通常控制在32-33攝氏度，因此適宜的溫度可以有效緩解神經損傷引起的肌肉痙攣。
水中康復廣泛用於許多疾病的治療和康復，例如:
1.肌肉骨骼系統疾病:骨傷、脊柱側凸、慢性疼痛、扭傷勞損、腰痛、肌腱炎、滑囊炎、肌營養不良等。
2.關節疾病:關節炎、特發性關節痛、骨關節炎、類風濕性關節炎等。
3.骨科手術後康復:關節鏡術後康復、關節重建術後康復、關節置換術後康復等。
4.神經肌肉系統疾病:中風後肢體功能障礙、腦癱、帕金森病、失衡、多發性硬化、脊髓損傷、創傷性腦損傷、肌萎縮側索硬化等。
5.運動康復和訓練；
6.兒童康復和成長促進；
7.精神心理障礙:自閉癥、抑郁、應激狀態；
8.心肺疾病的康復；
9.產後康復。