受地殼運動影響，這些地層有的是水平的，有的不壹定很水平，但每個傾角都在38°以上。由於四面八方的海浪對石島的不斷侵蝕，島嶼面積越來越小，瀕臨滅絕。
構成石島的珊瑚灰巖受海浪和雨水侵蝕，島周圍的巖壁上有許多小洞穴、小溶孔、根狀溶管等喀斯特地貌。比如島的北部，在2米厚的巖層中垂直發育著壹條樹枝狀的管道，非常有特色。
構成石島的沈積物比南海的其他島嶼更古老。據測量，在10米的高度，巖層年齡大多在14000年左右，最老的約為23000年。島上的地臺比較年輕，大約5000年，說明這個地臺是在島嶼隆升之後形成的。島前礁盤上的沈積物較年輕，約l700年，形成較晚。礁盤表面的沈積還在繼續，壹個更新的臺地正在形成。也就是說，石島隆起至少有15000年的歷史。這個長期的隆升過程也是石島被侵蝕堆積的過程。
石島是西沙群島最古老的島嶼。它至少有壹萬多年的歷史，是西沙群島最高的島嶼。有人說石島是西沙的“金字塔”，說它是金字塔不僅僅是因為它看起來像金字塔，還因為它像金字塔壹樣有壹些神秘的奧秘。西沙群島的島嶼大多是珊瑚、貝殼等生物沙礫堆積而成，巖石較為疏松。只有石島是由壹些層狀的生物砂巖組成的，巖石非常堅硬。而且在結構上也不同於其他層狀生物石。壹般層狀生物石底部比上部年齡長，但巖島則完全相反。巖石島的這種現象在科學上仍然沒有得到合理的解釋。