秦亮死後，此園改為都察院右副兼湖廣總督秦瑤所有。秦瑤是林東黨的成員。萬歷十九年(公元1591)，因老師張被人追殺，被革職回鄉。回到無錫後，因政治上的失敗而抑郁，於是將抑郁之情寄於山水，並借用王羲之“寄山河影”的詩句，將園名改為“吉昌園”。萬歷二十景，秦瑤壹壹作詩。
清順治末年，康熙初年，秦瑤的曾孫秦德造重修。當時著名的園藝師張廉和他的侄子張世應邀精心裝飾，山水經營，泉石錯落，園景益形。康熙皇帝和乾隆皇帝各六次遊覽此園，是此園的鼎盛時期。其間，雍正初年，秦德造的長孫秦道然因朝廷爭鬥被囚禁，園中被削出西南角，在巫溪縣建貞操殿。乾隆元年，道然三子秦在殿試中探花，入芷南書房。第二年，他遭受了陳情表，但他被釋放，花園被歸還。德造二房之孫秦瑞錫，秦家首富，投入白銀三千兩，獨立創新，保存古園，成就斐然。
乾隆十壹年，宗親議“只有園亭屬於遊覽之地，必須建立家廟，方能成仙”，將園中的嘉樹堂改為“雙孝廟”，吉昌園為祠堂公產，故又稱“孝園”。新朝末年(公元1751)，乾隆首次南巡，定吉昌園為遊覽之地，歡喜其幽靜之地，與他合影回國。他模仿了北京清漪園萬壽山東北麓的惠山園，也就是現在頤和園裏的“諧趣園”。鹹豐、同治年間，吉昌園的建築大多毀於大火，後略有修繕。1952年，秦後裔將私家園林交給國家進行保護性修復。原來的貞操殿也被並入花園，也就是今天的“兵禮堂”的壹個小院。後來，九石土司城相繼重建，嘉樹堂、梅婷和鄰近的梵天閣也相繼重建。
從清康熙二十三年(公元1684年)到乾隆四十九年(公元1784年)的整整壹百年間，兩位皇帝12次巡行江南，總在此遊覽，留下了許多詩詞、匾額、對聯。高宗乾隆認為“江南勝景最老，唯有惠山秦園最老”，“愛其隱居”，於是帶著圖紙回京，在清漪園(今頤和園)萬壽山東麓建園，命名為惠山園(公元181年改名為“和諧園”)。吉昌園目前還保留著兩塊碑刻:康熙的《山色流光》和乾隆的《玉尾金燒》(玉尾指的是壹股流水，金燒指的是壹座假山)。
吉昌花園位於無錫西郊東側的惠山東麓，在惠山街的席暉公園內，毗鄰惠山寺。園址原為惠山寺及其他兩位僧人的住所。它被秦晉收購了鳳山)，明嘉靖初年(約公元1527年)，它被改造成壹個花園命名為“谷峰山莊”。元貴人侄兒秦進喜，江西使秦漢父子秦亮。嘉靖三十九年(公元1560年)，秦漢修園舍，鑿塘疊山，又稱“谷峰山莊”。秦亮死後，園改由都察院右副使、湖廣總督秦亮的侄子秦炎掌管。萬歷十九年(公元1591)，因太傅張被追而罷官。回到無錫後，寄情於山水之間，疏浚池塘，建園舍，建二十園，每園壹詩。就拿王羲之的詩《答徐椽》來說:“以仁智為樂，寄幸福於山川”。1952年，秦氏後人秦良公為國獻園，無錫市人民政府對其進行了修繕保護，逐步恢復了古代園林的風貌。吉昌園是中國南方著名的古典園林。於6月1988+10月13在國務院申報為全國重點文物保護單位。1999 2000年，經國家文物局批準，太平天國戰爭中被毀的吉昌園東南由席暉風景區修復。先後修復了徐靈亭、仙月亭、臥雲堂等建築，恢復了全盛時期的園林景觀，使整個古代園林充滿了雅致。
吉昌花園屬於山莊類型。現吉昌園面積14.85畝，南北長，東西窄。景觀布局以山塘為中心，巧借、混搭自然。假山依惠山東麓，形似殘脈。還形成壹條蜿蜒的小溪，“二泉”在其中流淌，汩汩有聲，世稱“巴音溪”，與前方曲池“金惠壹”遙遙相對。潘宇亭廊、知魚門檻、七星橋、涵碧亭、清魚廊依水而建，與假山相映成趣。園中樹木參天，竹影搖曳，蒼涼婉約。以巧妙的借景、高超的疊石、精致的理水、洗樓，在江南園林中獨樹壹幟。
總的來說，吉昌園的成功在於其“自然的山，精致的水，簡潔的園，古拙的樹，巧妙的風景”。難怪清朝的康熙皇帝、乾隆皇帝多次到訪這裏，壹次次吟詩作賦，可見他們的喜愛和欣賞。