庫區人民最擔心的是三峽工程對環境的影響來自水庫的汙染。目前，三峽兩岸城鎮和遊客排放的汙水和生活垃圾，不經處理直接排入長江。蓄水後，由於水流靜止，汙染物不能及時流下，堆積在水庫中，已造成水質惡化和垃圾漂浮，並可能引發傳染病。壹些城鎮從其他水源收集生活用水。同時，大量移民開墾荒地，也加劇了水汙染，造成水土流失。對此，當地政府正在大力建設汙水處理廠和垃圾填埋場，以解決汙染問題。如果發現汙染太嚴重，也可能采取築壩加大流量實現換水。
三峽工程將對周圍的生態產生嚴重影響。因為大壩，魚類不能正常通過三峽，它們的生活習性和遺傳都會發生變化。三峽水庫蓄水後，560多種珍稀陸生植物將被淹沒，但大部分也分布在淹沒線以上。只有疏葉卷柏和鐵線蓮兩個品種完全在淹沒線以下，已經移植。
三峽工程建成後，壩區附近的天氣氣候受到了明顯影響，氣溫多變，破壞了千百年來的地質環境，進而破壞了微生物群落，造成了不可估量的無形損失。
總之正面影響更大，只看正面。