缸中的水通過網引入過濾缸，經過濾系統過濾，再由水泵抽回魚缸。在這個過程中，它經歷了物理和生化兩種形式的水質過濾，並在生化過濾中餵以硝化細菌，水質的安全性也得到了鞏固。
過濾系統中濾料的排列順序還是有壹定的講究的。第壹次過濾建議用絲襪封住出口，然後在第壹個過濾罐中依次放入白色過濾棉→黑色過濾棉→藤棉→陶瓷環。白棉放在前面，更直觀的觀察過濾情況。
這個濾鏡簡單的話，只能放黑白棉。第二格過濾池中，藤棉→生化球→陶瓷環→菌室等。依次擺放，中間用白棉隔開，便於把握硝化細菌在濾料中的植入情況。需要清洗的時候，洗白棉就行了。
第三過濾罐水泵→生化球→加熱棒等。熱泵也可以放在格子之間的縫隙裏，這要看妳底部過濾槽的大小。簡單的三格過濾池設計，格數較多，二格濾料可加入珊瑚骨、石英石、活性炭等濾料。如果是四個網格，可以把這些濾鏡放到第三個網格裏，形成單個網格。