浙江余姚河姆渡新石器時代遺址和桐鄉羅家角新石器時代遺址出土的炭化米遺存，距今約7000年。這些遺址的先民壹直從事相對定居的農耕生活，因此追溯到以遷徙為基礎的稻作種植業出現的時間更早。
根據30多年的考古發掘報告，我國已發現新石器時代遺址40多處，尤以太湖地區的蘇南、浙北為多，其次是長江中遊的湖北省，其余則分散在江西、福建、安徽、廣東、雲南、臺灣省等省。在黃河流域的河南省和山東省也發現了新石器時代晚期的遺跡。出土的碳化米(或稱米)有秈稻和粳稻之分，說明早在原始農業時期就已經出現了秈稻和粳稻的分化。上述稻種遺存的年代大多早於亞洲其他地區出土的稻種，證明了中國稻種的獨立起源。
由於大米起源於中國南方，所以從石器時代開始，大米就是長江流域及其以南地區人們的主食。唐宋以後，南方壹些稻作區進壹步發展成為國家大米供應基地。唐代韓愈說“江南居十九處”，民間也有“蘇州湖熟，天下滿”和“湖廣湖熟，天下滿”的說法，充分體現了江南水稻生產對供應全國糧食需求和保證政府財政收入的重要性。據天工吳凱估計，大米約占7/10，小麥和小米占3/10，大米主要來自南方。黃河流域雖然早在新石器時代晚期就開始種植水稻，但水稻種植面積有增有減，所占比重始終低於小麥、谷子、黍。