接手綱手任務的鳴人與木本櫻和大和壹起踏上了追逐和忍受“百足”的旅程，最終到達了沙陰的廢墟“樓蘭”。他們發現柏祖的目標是埋在廢墟深處的“龍脈”。為了結束壹切，鳴人等人深入到廢墟的最深處，卻因為百足而被壹股強大的能量吞噬——鳴人穿越時空回到了過去！當鳴人再次睜開眼睛時，他看到了從未見過的東西。這座巨大的城市被無數指向天空的塔所包圍。把握不了現狀的鳴人，只能繼續追求逃避和忍耐，遇見這座城市的女王莎拉。原來這就是繁華的巔峰——“樓蘭”！年輕的薩拉女王深受人民愛戴，城市裏充滿了和平之風。然而，有傳言說神秘部長正在制造可怕的武器...波風水門:“六年前，有壹個來自未來的忍者。就像妳突然出現壹樣。”大臣的真實身份居然是“百尺竿頭”！他隱藏了自己的真面目以保存實力，以便再次對龍脈下手！得知他驚天陰謀的木火影三代猿飛日斬，下令成立了由波風水門、尤女智威、秋道丁座、旗木卡卡西組成的“四人小組”！在千塔之間跳躍的忍者！與白族偽軍激戰！讓人跟不上的超高速動作！鳴人，莎拉，水門的戰鬥開始了！！——這次相遇真的能改變所有人的命運嗎？