第壹，主要是巡查堤防，控制洪水。康熙登基後，為了防止地方官員貪汙國庫，開始整頓吏治。新的政令已經下達，他將從北京出發，經過黃淮，到達江南，看看是否如他所願。他此行還有壹個重要任務，就是視察黃河治理情況。康熙上臺後，把治理黃河水患作為重中之重。他第壹次南巡，親自考察了黃河的遺址，提出了以清淤為主，築壩為輔的治理方案。黃河下遊流經河南，轉入蘇北，然後流入大海。河南和蘇北都是重要的糧食產區。如果黃河泛濫，後果很大。
二是意在化解滿漢民族矛盾和文化差異。明末清初，清軍在江南燒殺搶掠，很多漢人對清朝統治者充滿怨恨。康熙知道，只有江南穩定了，天下才能太平。因此，在他的南巡中，他參觀了孔廟，崇拜了玉齡，並向明太祖表示敬意。他想通過這壹系列行為來影響江南士紳，確保江南的長治久安。康熙六下江南，到了南京，五訪朱元璋明陵，三叩九拜。康熙南巡三次路過山東曲阜，還拜謁了孔廟。不僅如此，他還為盧秀福等漢族人心目中的民族英雄題匾。，目的是緩和滿漢文化沖突，接受儒家文化。
第三，彌合君民之間的隔閡。康熙六下江南，親近百姓，拉近與百姓的距離。賑災到山東，壹有災情，康熙就下撥幾百萬兩銀子，派四五百名官員去異地救災。由於自然災害，普通人仍然不支付他們所欠的錢或食物。康熙路過，都免了。康熙壹路上深得民心，深受百姓愛戴。
康熙六下江南，解決了國家、君主和人民之間的隔閡，為政權的穩定提供了有利的形勢。