小清河的主要支流有巨野河、江秀河、杏花溝、符曉河和何姿河。
巨野河，發源於濟南市歷城區南部山區的禦河泉，向北流向張度村西南，東巨野河從右岸註入。東巨野河發源於歷城區雞山南李家樓，北流入巨野河，河長13.5km，流域面積96.1 km2。巨野河又向北流，在歷城區雅王口以東，從右岸匯入小清河。巨野河長46.8公裏，流域面積376.8平方公裏，河流平均比降77/1000。
繡河，上遊叫西八路河，發源於章丘縣垛莊區南昌城嶺。它北流至章丘縣秀輝鎮金盤村西北，與百脈河匯合，以下簡稱江秀河。白脈河幹流來自明水泉群，從右岸向北流入江秀，河長12.5km，流域面積80.1km2。繡河又向北流，從章丘縣新豐村北右岸流入小清河。江秀河長87.7公裏，流域面積667.9平方公裏，河流平均比降6/1000。
杏花溝又名杏花河，上遊稱為東八樓河。發源於淄博市博山區西北的青龍灣，西北流入章丘縣，相公莊以下又稱洛河，向西北方向流動。章丘後流村轉向東，向東北流入芽莊湖，進入鄒平縣城。出湖，流向東北，叫杏花溝。東北流向桓臺縣金家莊以北，從右岸流入小清河。河流全長97公裏，流域面積1194.5平方公裏，河流平均比降5.6/1000。
符曉河，古稱龍水，發源於淄博市博山城東南的戴莊東北谷，蜿蜒向西，後轉向北，至博山城南的神頭，再流入淄川城，就像陽河東壹樣。班揚發源於淄川區薛家峪東南，西北從右岸匯入符曉河。河流長26公裏，流域面積141.1平方公裏。符曉河再次向北，在淄博市張店區河崖頭以西，範陽河以南。範陽河發源於淄博市博山區大峪口，從左岸向北流入符曉，全長46公裏，流域面積344.4平方公裏。符曉河彎彎曲曲地向西北流去，直到鄒平的呂莊門。壹條是1951開挖的勝利河，向北流入小清河。另壹條是老河，流向東北，在鄒平焦家橋向東流，經過桓臺周家洞的馬達湖，再向東流，在博興縣傅家橋以東的義和門進入小清河。符曉河長135.9公裏，流域面積1733平方公裏，河流平均比降1.8/1000。
資河，古稱資水，有石馬、南博山、下莊、池上四條河。前三篇也叫習字河，最後壹篇叫冬子河。其中石馬河最長，是資河的源頭。石馬河發源於萊蕪縣何莊鄉王璐山西麓的張大英支溝，自西向東流，在博山謝家店大橋處與南博山河、下莊河兩條支流匯合。再向東北流，至博山泉河頭東北，與冬子河匯合，再向東北流入淄川區，經太和水庫，再向東北流至宜都妙子南，仁和河從右岸註入。仁和河發源於宜都、臨朐、博山三縣交界處的三仙嶺西北麓龍宮村，向西北流入何姿河，河長30公裏，流域面積131.5平方公裏。何姿河再次向東北流動，經過淄博市臨淄區，從廣饒縣新莊東北右岸匯入小清河。何姿河長155.1km，流域面積1500.4km2，河流平均比降3.7/1000。
五河發源於臨淄區大武鄉南部山區，經桓臺，在博興縣金家橋閘匯入小清河。山東省內河全長86.5公裏，流域面積974平方公裏。
預備河，發源於馬達湖東岸，流經博興，到達廣饒縣大垸村，南入小清河。山東省內河全長42.5公裏，流域面積450平方公裏。
垮塌河流上遊有織女河等11支流。幹流起於壽光縣鄭佳艷村東北面的洋河，流向東北面的八面河村，向東流入小清河。山東省內河全長28.7公裏，流域面積1.65平方公裏。織女河(crony river)發源於臨淄區東部山區，流經廣饒，在壽光縣巨甸湖農場東南匯入崩河，流域面積757平方公裏。益壽新河西起青州市周家村西南的五羊溝，流入壽光縣巨甸湖農場東南的潰口河，河長27.8公裏，流域面積306平方公裏。
東渚龍河，古稱鄭荒溝，發源於桓臺縣張店區風水南，從朱家莊北進入，南北流淌。經果裏、湯山、邢家鄉(鎮)，經躍進河流入小清河。境內長23.7公裏，流域面積878.3平方公裏，泄洪能力25 ~ 30立方米每秒。正常水期壹般流量為2 ~ 3立方米/秒；汛期最大流量25m3/s，流量0.5 ~ 0.7m/s..自1966起，成為淄博工礦區主要排汙渠道，年流量1 ~ 1.5立方米每秒，日過境水量78800立方米。
從鄒平縣陸家莊利群門分出的勝利河，從呼瑪村西南流入。原河在西新村轉向東北於1966進入小清河，在西新村轉向西北，南北流向。境內長3.8公裏，流域面積27平方公裏，最大流量60立方米每秒，屬於人工開挖的季節性河流。
馬踏湖，位於桓臺縣東北部，小清河南岸，桓臺、博興兩縣交界處，地處太乙山脈北麓山前洪積沖積平原與黃泛沖積平原的重疊凹地。以京(嘉)夏(莊)公路(俗稱瓊嶺)為界，南臨秋瑾湖，北靠馬踏湖。由於兩湖相連，融為壹體，故統稱為馬踏湖。湖區水源由五河、符曉、東西朱龍、興化河等河流組成。汛期，湖區上漲的水無法泄出。1719(康熙五十八年)始於湖區中心，人工開挖壹條東西向的儲備河，長8km，流域面積122.2km2，流量40m3/s..
西朱龍河，原為鄭荒溝的壹條支流，自北向南，南起新城三岔灣，北至浮橋村西北匯入符曉河。境內長8.42公裏，流域面積252平方公裏，最大流量80立方米每秒。1985引入蒙山水庫符曉河，通過該河流註入馬踏湖。
發源於淄川區黃愚山的老子河，從張店區王莊北進入，經過果裏鄉，在所鎮三岔灣註入五河。境內長8.8公裏，流域面積119平方公裏，最大流量20立方米每秒。上世紀60年代末，這裏是淄博工礦區的排汙渠。