出了天王殿，穿過丹雍，沿中央通道上樓向北就是大雄寶殿。大殿重建於明末清初，結構古樸莊重，單檐，距今已有300多年的歷史。廟裏的“大雄寶殿”四個大字和廟裏的兩副對聯都是名人寫的。中間對聯是已故高僧明山法師所寫，“國慶適逢安慶四十年風調雨順，三千塔鐘空。”這幅對聯巧妙地隱藏了“青雲”寺的名稱，描繪了青雲寺獨特的景觀。書法精妙，筆鋒龍蛇，高僧之才盡在其中。兩側是泰興書法家、南師大美術系書法教研室主任陳仲鳴教授題寫的壹副書法，非常深刻。
大殿正中供奉佛祖釋迦牟尼，兩側東方為藥師佛，即藥師琉璃佛，又稱大醫王；在西方是阿彌陀佛，又稱“無量壽佛”、“無量光佛”等。三尊大佛安詳，光芒四射。大殿正中的拔都藻井，在中國古典建築的藻井風格中極為罕見，極具建築研究價值。
大殿兩側供奉著十八羅漢。他們或喜或怒，或悲或慎，表情各異，妙趣橫生。三尊大佛後面是島上的觀音雕塑。南海的觀音菩薩手持壹瓶純凈的柳樹，踩在頭上。很多好的少男少女的知識分布在全島，這就像是壹種生活，是壹種大觀。