1.建築風格不同:鳳陽鼓樓是明代官式建築，南京鼓樓是明清官式建築。
2.建築規模不同:鳳陽鼓樓高33米，建築面積約800平方米；南京鼓樓高47米，建築面積約2100平方米。
3.地理位置不同:鳳陽鼓樓位於安徽省鳳陽縣，南京鼓樓位於江蘇省南京市中心。
4.歷史文化背景不同:鳳陽鼓樓是安徽省文物保護單位，是鳳陽縣歷史文化的重要組成部分；南京鼓樓是江蘇省文物保護單位，是南京的標誌性建築之壹，具有重要的歷史文化價值。