主要通過隋朝，建立了中國歷史上最早的醫學教育“太乙部”，這也是世界文明史上有記載的第壹次大規模的官營醫學教育。隋朝還組織國內外學者廣泛搜集中醫藥資料，主要是古方和民間驗方、驗方，編纂了2600卷的大型方劑學著作《四海聚方》。中國第壹部病因學和癥狀學專著《病因學與癥狀論》就是在這種社會時代背景下寫成的。
《論疾病的病原體和階段》這本書。
學術內容寄生蟲病因學和寄生蟲病證候學的新發展《各種疾病的起源論》在觀察和記錄寄生蟲病的病因、不同疾病的發病區域、各種疾病的證候表現、寄生蟲的特征、生活習性和入侵途徑等方面仍具有重大的指導意義。當晁討論血吸蟲病(原名佘宮、西毒、水都等。)，他指出血吸蟲病的發病具有地域特殊性，神武(江浙)以東的窯洞、溪流，長江以南，水澤的沼地都是血吸蟲病的流行區。日本血吸蟲的生活習性在發病季節，朝認為日本血吸蟲冬天蟄在土裏，嶽夏在水裏，在水上行走，在水中洗澡，容易得病；如果雨太大，它會隨著水流入人們體內。
發病季節多在春秋兩季，患者有接觸疫區水域的經歷。血吸蟲病的癥狀被描述為水中毒、輻射中毒、溪流中毒、再生水和溪流溫度。主要表現為開始時忽冷忽熱，輕微頭痛，眼眶疼痛，腹痛，心煩，空洞排出，牙齦出血，其次是飲食不佳，譫妄等。當時在可能的條件下提出了獨特的診斷方法:將大蒜搗碎數升，放入溫水中，讓患者自己洗澡，洗澡後全身出現紅點，為血吸蟲感染。以今天的眼光來看，這種方法可能已經落伍了，但對於1000多年前的醫學和社會發展水平來說，這是壹種大膽的探索和可行的措施。至於被沙虱(恙蟲病)感染的人，朝方圓指出，看不見的沙虱因在疫區的洞穴水澤洗澡或下雨天在草叢中涉水而“附著於人”並“爬進皮膚”。至於預防這種疾病的方法，Chao指出，有可疑接觸史的人應該用小火熏制，以防止沙虱自行掉落地面。在沙虱病的記載中，古代以毒攻毒的思想在免疫學意義上有萌芽作用。晁建議在冬天將沙虱磨成細屑，用麝香粉塗在全身，以預防未來的疾病。
疥瘡上疥瘡，經過詳細的臨床觀察，疥瘡常見的部位是手腳之間，然後逐漸到達全身；發病原因是水狀石棺感染；疥瘡可在疥瘡破潰處用利器挑出；治愈這種疾病的關鍵在於消滅昆蟲和消除疾病等。，這些都討論得很準確。他指出感染的途徑是身體接觸；治愈後的善惡，在於疥瘡侵入身體的數量和深度；瘡面艾灸，可殺石棺。關於絳蟲病腸道寄生蟲的記載，晁指出，這是由於食用未成熟的牛肉引起的。名為“寸白蟲”，是九蟲之壹，每節壹寸長，扁平呈白色。還是因為吃了生魚喝了奶酪，寸白蟲入侵了。關於蛔蟲，書上稱之為“蛇膽”。由於蛔蟲形似蛇，發病時常纏繞成壹團，狀似蟲癭，這是由於飲用不潔水井的水、吞食蛇鼠精華等不良飲食習慣所致。晁對各種寄生蟲病的論述，大多是在沒有任何可用的觀察和檢驗儀器的情況下，通過大量細致的臨床觀察和天才的猜測而得來的實用，以至於我們在壹千多年後理解這部分《異源異癥論》時，仍能深切感受到晁嚴謹的科學態度和不朽的理性光輝。
過敏性疾病對過敏性疾病的理解:過敏性疾病屬於免疫系統功能紊亂引起的各種過敏性疾病。到了隋代，人們對人體免疫系統狀態的認識能力還十分有限，《病因論》對“漆瘡”的描述填補了這壹領域的空白。晁方圓觀察到，當他也接觸油漆時，有些人立即感到發癢，隨後他的胸部、手臂、腿和身體所有部位發癢和腫脹。他用手壹撓，紅腫迅速蔓延。重者瘡毒如豆或大如杏棗，膿腫灼熱疼痛；再次，病癥依舊，這類人“天生怕漆”；還有很多人整天煮油漆，卻不受其害。晁認為，這是由於人類天生對塗料的承受力差。人，無論大小，都有油漆耐受和油漆不耐受。這種對接觸性過敏病變的理解，尤其是對個體差異的理解，無疑是非常正確的。
過敏與19世紀左右青黴素問世的歷史有關，很多患者在沒有做過敏試驗的情況下就被註射，甚至引起過敏甚至死亡。晁的觀察和深刻分析使我們更加肅然起敬。關於生殖系統疾病，晁的《病因論》中強調男性不育的原因是精液冷稀所致的不育癥，精液不射所致的不育癥，說明無子不是女方單方面患病所致。這個討論的意義遠遠不局限於醫療領域。此外，方還詳細列舉了婦女不孕的原因，如風寒入胞、月經不調、腹部腫瘤、子宮脫垂等。，以便醫生進行詳細的臨床檢查和治療。關於新生兒破傷風(臍潰瘍)和小兒先天性癲癇。這在《傷寒論》中有所闡述。晁方圓對臨床上最常見的內科疾病也有較詳細的論述。
真性病，如《真性病》病因學介紹，晁指出:心之嚴重性不可傷，傷之所痛為真性心痛，早死晚亡。進壹步區分疾病痊愈的不同原因，晁強調，根本原因在於傷重者死得快，傷在其他絡脈者死得突然，所以不至於急死——原因在於傷動脈大小的不同。《傷寒論》作為壹部論述各種疾病的病因和證候的專著，自然不會忽視占疼痛相當壹部分的外科和傷科疾病。因此，書中大量關於外科和職業療法的記載，充分反映了隋代及其早期中醫外科和傷科的醫療水平。比如，書中記載了對開放性傷口取出異物必要性的認識:《金傷骨》強調只有取出異物才能促進傷口愈合；如果斷骨或其他異物不取出，會使人化膿，疼痛；如果箭頭進入，壹定要先拔出來，然後上藥才能痊愈。這與當代創傷外科的清創原則是壹致的。
腸吻合術除此之外，病原體和分期理論還驚人地論述了腸吻合術的實施方法和步驟，術後註意事項等等。對腹部外傷致腸破裂的患者應進行腸吻合術。若腸管兩端可見，則用針線連續將腸管破開，然後在縫上塗雞血，以防漏氣，推入腹部。術後護理的重點是20天內吃米粥，不要吃不夠，100天後正常進食。雖然我們不可能知道這種腸吻合術是如何消毒的，如何抗感染的，成功率有多高，但想到這是公元7世紀的手術記錄，就足以深有感觸。更驚人的是，病原體和分期理論還記載了大網膜的切除，包括壞死大網膜的血管結紮和大網膜的部分切除。腹部外傷損傷的網膜動脈用生絲線隔夜結紮，造成供血區扇形壞死，次日切除壞死部分。切除後不應立即縫合腹腔，而應將腹腔內的血汁引出來(引流)；有嚴格的橫縱之別，陰陽之別，流暢之別，急迫之別等。在縫合部，讓皮膚可以照常愈合。這個記載證明了《病因論》中介紹的外科腹部水平是7世紀人類外科醫學的最高峰。
臨床應用大業六年(公元610年)，晁氏編纂了壹部50卷的《諸病源證論》，共分六十七章，含證1739個，分別列舉了內病、外病、婦科、小兒、五官、口腔牙齒、骨傷的病因和證候，並對部分疾病的診斷和癥狀進行了探討。該書是我國第壹部中醫病因學和證候學專著，也是第壹部由朝廷撰寫的醫學理論著作。在中國醫學史上占有重要地位，對後世影響深遠。
各種病原體和階段理論的主要特征如下:
1.該書以病因、證候為主，但不含方藥:書中以疾病為綱，對每壹類疾病下疾病的概念、病因、病機、證候進行了描述。史無前例地收集了所有的病證，病因病理的解釋和證候的描述都有很高的水平。
2.發展了中醫病因學理論:提出“脾氣暴躁”是傳染病的致病因素，提出提前服藥可預防流行性感染。書中記載了多種人體寄生蟲病，並詳細描述了其形式和感染途徑。提示疥瘡與疥瘡感染有關。炭疽熱是由感染引起的；漆瘡是“天生怕漆”引起的過敏；山癭病是喝了“沙水”引起的，書中許多新的觀點和記載都有了很大的進步。
3.病理學:該書對各種疾病的病理變化和預後有詳細的記錄和系統的描述，突出了每種疾病的特殊證候，在臨床鑒別診斷中具有重要意義。
4.在證候分類方面:對疾病進行分類，使之系統化。比如婦產科，可以分為五類:雜病、妊娠病、臨產病、難產、產後病。這種分類更加細致清晰，有利於臨床應用。
軼事典故隋大業五年(公元609年)負責運河建設的馬樹謀，在寧陵(今河南)患風逆病，全身關節疼痛。起床後，他感到頭暈惡心，但所有醫生都未能做出診斷和治療。楊迪皇帝命令方圓去接受治療。診斷後，袁超的處方認為風入則因，病在胸。壹定要用嫩肥的羊，用中藥蒸熟食更好。馬舒開了藥方，蒸了壹下，藥還沒用完，就好了。方圓還告訴他繼續服用藥膳，以防止疾病復發。
人物評價晁於大業六年(公元610年)編撰的《病源病證論》是中國歷史上第壹部專門論述病源病證的著作。該書雖然沒有記載治療方法和藥方，但具有很強的信息價值，是醫生辦公桌上的常備書籍。書中記載“疥瘡”是疥瘡的源頭。它藏在濕痂裏，可以用針挑出來。它看起來像水中的蝸牛，它的觀察非常精細，這也是病因學理論在形態學上的壹大進步。書中還對絳蟲進行了詳細的解釋。其中，據說白條蟲會分段增殖，逐漸長到四五尺長，與現代醫學對絳蟲的描述非常接近，並指出這種病的發生與食用未成熟的魚和牛肉有關。書中描述了“漆瘡”，是壹種米粒狀丘疹，發生在對漆過敏的人身上。接觸油漆，只有這種人會出現，其他人不會。這也是最早的免疫學研究。可以說此時的病因學理論對過敏已經有了非常全面的認識。書中詳細記錄了傳染病，如肺結核、天花、腳氣病等，甚至提到了婦女的人工流產。在保健方面，也有很多真知灼見:論文提出刷牙是保證牙齒健康的關鍵。甚至描述了腸吻合的步驟、方法、縫合和護理。可見當時的外科手術也是比較發達的。
邪與證是中醫辨證用藥的重要依據之壹。本書內容豐富，描述詳盡，分析準確，清晰易懂，是不可多得的好書。此外，《病因論》是壹部記錄當時醫學發展水平的重要著作。從書中所包含的對病因的認識來看，當時的醫學對疾病的認識已經達到了全面透徹的程度。或許是受文化導向的影響。在醫學史上，大多數醫生更多的是註重對理、法、方、藥的研究和著述，這方面的專著很少。《傷寒論》內容全面、思想深刻，正好彌補了這壹空缺。到今天的醫學發展水平，還是壹本完整的好書。
後世的影響《論疾病的病因與分期》是中國醫學史上第壹部系統總結疾病病因、病理、證候的專著，對隋代以後兩代醫學的發展產生了重大影響。對中醫的發展做出了突出貢獻，受到歷代醫家的高度重視。創造壹種“滋養繁殖”的方法。引導法在醫療中應用廣泛。寫《養生驗方指南》討論癥狀壹千七百二十七分鐘，多以“養宣”“代藥”之法。如“手足因風痹不遵”，其“養宣”方法為:“手握左右，張開雙臂九次，治臂足痛、勞乏、風痹不遵”。對醫療體操的發展有積極的貢獻。