漢高祖舜帝年間(126—144)，張道陵在鶴鳴山(今四川大邑縣)創立石天道，尊“太上老君”為最高神。後來，寇謙之改革天師道，也把“太上老君”奉為最高神明，但“道德天尊”的名號已經出現。據我們所見，“三清”之名最早出現在陶弘景在南梁所寫的《真靈業圖》中。
書中安排了神仙的順序，分為七個層次，每個層次都有壹個中值。第壹中位，商河徐晃道軍，號元氏天尊。第二，我去了高慶盛泰去了陳余黃原大道(萬物之主)。第三名，太極金雀帝，姓李(仁臣教太平主)。第四，太清太優於老君(為太清道主，面向萬民)，黃裳太優於至尊道君。
其中上清太清的名字明顯被提出來了，但是三清的名字順序還沒有確定，第三名是“金雀帝君”，而太上老君在第四中間位置。此後，“三清”的名稱逐漸變化發展，直到唐代才成為壹種確定的學說。
《道藏·太平部·三穴珠囊》卷七引老先生聖旨曰:“此為玉清境界，元初尊神位，亦過三十五日。這是上界，道上太高(靈寶天尊)，34天以上。太清太極宮，即太上老君寶座，三十三以上。”於是“三清”成了道教的最高神。
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《道學》第七卷引自《太真科》說:“羅達生軒轅三氣，化為三清日:壹日晴空萬裏，始成；第二天，魚雨去了清朝。第三是天空太清澈，氣氛神秘。自此三氣出世。”
據《雲七征》、《道法慧遠》等道教書籍記載，天清玉清，混穴太虛，其氣始青，真道升至聖境，天寶尊之；魚雨餘日入清，其氣為黃，仙路升至真態，靈寶尊之；大赤天太清，其氣玄白，人性升至仙境，道家居於其中。
文曰:“這四種人與天，即三界之上，不如四種人與天有三界分明。三清之上是大羅田，元代佛祖在此居住講學。天寶君智在玉清境界，天高雲淡。靈寶君之於清代，即魚雨天野，神寶尊之於太清，即大馳天野。”
(雲七征，卷三，道學原文部分)據《言釋集》引雲《閱史略》:“三清人居玉清聖地，元朝始居之；清聖境，道君居之；太清仙境，老先生住的地方。”同時，道教對三清神靈的崇拜也體現了道教“三窟真經”的神化。《雲七征》卷六《三孔經與教學部》說:“大門上，雲有三孔者講孔。
宣彤很棒，有三個系統，所以雲上有三個洞。第壹洞是真的，第二洞是神秘的，第三洞是神。是三景的神秘法令，是八大的精神篇章。”據《道法匯源》卷壹《衛青道法集散地》記載，關於衛青神威的記載如下:
元初聖祖代表苗道東部，輔佐太玄，傳播衛青學派；衛青玄祖赴慶陵寶宇辰大道，代表董部，太平為輔，傳承靈寶派；太清道德五靈始祖玄老君，代表董神經系，太清為輔，“壹盟壹威”之道貫穿三窟，傳播道德派和正統派。