新疆生產建設兵團的管理體制主要包括兵團、師、團三級。兵團和師有三個主要職位:第壹政治委員、政治委員、司令員或師長。兵團總部設在烏魯木齊。它搬到石河子，然後搬回烏魯木齊。
兵團首任政委是新疆自治區黨委書記張春賢。兵團黨委書記、政委兼任自治區黨委副書記，由中共中央、國務院直接任命，黨級為中央委員。現任兵團政委為車俊，司令員為華。
兵團師範院校分別對應自治區地區行政中心，對應的地委書記兼任師第壹政委。師裏還有專職政委和師長。
兵團的團級單位包括農場、牧場等。，壹般簡稱為“農牧團”，行政級別為縣壹級。組字段已編號。四師實行師市合壹的體制，如石河子市(1957建立，新疆最早的城市之壹，現為新疆第二大城市)，後仿照石河子模式建立五家渠市、圖木舒克市、阿拉爾市。這四個城市都是縣級市。
兵團司令部、師、師及兵團密集的墾區有公安局、檢察院、法院三級，如兵團公安局——農八師公安局——下冶地墾區公安局，兵團公安局——石河子公安局(農八師公安局)——市區分局除外。
20世紀80年代起，兵團武裝連改編為武警部隊，改編為武警新疆生產建設兵團司令部及下屬支隊、大隊、中隊。設立在副軍級的兵團軍事部門，履行省軍區的職責和職權，即兵役動員、預備役組建、民兵工作等。兵團民兵應急分隊是新疆維護穩定和處置突發事件的重要力量。
新疆生產建設兵團人員多由中國人民解放軍第壹野戰軍第壹兵團和第二十二兵團抽調。兵團目前由14師(含1建工)和185農牧團(含11建工團)組成，花卉種植區分布在全自治區，位於1950前的荒地。2003年兵團總人口約248.05萬人，其中漢族人口約21.800人。
農壹師:成立於1953，主要分布在阿克蘇地區，師指揮部設在阿克蘇市和阿拉爾市。前身為第壹兵團第二軍第五步兵師，是中國工農紅軍第二軍第六軍，國民革命軍第十八軍120師359旅。以“生在井岡山，長在南泥灣，戰萬裏，定居天山”而聞名。
農二師:成立於1953，主要分布在巴音郭楞蒙古自治州，師部在庫爾勒，前身為第壹兵團第二軍第六步兵師。
農三師:創建於1966，主要分布在喀什，師部在喀什和圖木舒克，前身為第壹兵團第五軍第十四步兵師。
農四師:成立於1953，主要分布在原伊犁地區，直屬伊犁哈薩克自治州，師部在伊寧市，前身為第壹兵團第五軍第十五步兵師。
農五師:創建於1953，主要分布在博爾塔拉蒙古自治州，師部在博樂市，前身為第壹兵團第六軍步兵第十六師。
農六師:成立於1953，主要分布在昌吉回族自治州，師指揮部與五家渠市師市為壹體。前身為西北野戰軍新四軍第壹兵團第六軍第十七步兵師。
農七師:成立於1953，主要分布在奎屯附近，師部在奎屯市，奎屯市奎北新區。前身是第22兵團第9軍第25步兵師。
農八師:成立於1953，主要分布在石河子附近，師部設在石河子市，師部與石河子市師部合壹，前身為第22兵團第9軍步兵第26師。
農九師:組建於1962，主要分布在伊犁哈薩克自治州塔城地區北部邊境地區，師部設在額敏縣，前身為第二十二兵團第九軍步兵第二十七師。
農十師:成立於1959，主要分布在伊犁哈薩克自治州阿勒泰地區，師部設在阿勒泰市北屯鎮，前身為第二十二兵團騎兵第七師。
建築工程師:成立於1953，主要從事工業和工程建設，師部設在烏魯木齊，前身為第二十二兵團騎兵第八師。
農十二師:原烏魯木齊農場管理局，成立於1982，2001更名為現名，主要分布在烏魯木齊，師司令部設在烏魯木齊。
農十三師:原哈密農場管理局成立於1982，2001年改為現名，主要分布在哈密地區，師司令部設在哈密市。
第十四農壹師:原和田農場管理局，成立於1982，2001更名為現名，主要分布在和田地區，師司令部設在和田市。
222團:0959年65438+65438+10月19。其前身是兵團農六師幹部大隊，位於舉世聞名的新疆天池腳下。該團北亭鎮距烏魯木齊市中心72公裏，距阜康市中心18公裏。土武大高速公路從該團附近穿過，交通十分便利。該團總用地面積32.6萬畝。2009年末總人口11872，從業人員2900人。現在是兵團唯壹直屬團。