漢代舞陽縣井研鎮。
東晉時西江陽郡位於此地，北魏時蒲亭郡位於此地，屬陵州。
隋開帝十壹年(591)，設立龍山縣，廢廷設在井研縣。
自隋開帝十壹年(591)建縣以來，自唐、宋至元初，縣域不斷擴大，歷經六百余年。
宋真宗鹹平四年(1001年)，劍川縣(今仁壽縣張家區)並入井研縣。
元世祖至元二十年(1283)，龍州井研並入仁壽，土成都道，縣域為仁壽四鄉之壹，稱來鳳。明朝洪武六年(1373)，太祖朱元璋上書撤銷仁壽縣來鳳鄉，恢復井研縣。
清順治初屬子洲，屬成都府。
雍正五年(1727)，子洲升為直隸。
民國二十四年(1935)，屬第二行政監察區(地方首府城關鎮)。
1949之後，井研縣壹直屬於樂山市(原樂山地區)。