訥河-依安河水系:從訥河附近進入盆地，在盆地邊緣形成沖積扇，向正南流動，在林迪安附近分為兩條支流。西支沿肖林克-敖古拉斷裂帶向南，從白城匯入河流。東支流流向大慶長垣，分成幾條支流，對三肇凹陷有影響。
拜泉-青杠河水系:從拜泉、海倫進入盆地，形成沖積扇。然後河水從明水地區流向西南方向流向安達以北，分成三條支流。西部兩條支流分別從安達、松湛地區流入三肇凹陷，東部壹條流入肇東後繼續東流。該水系主要控制三肇凹陷北部的沈積。
懷德-長春水系:從長春-懷德方向流入盆地，壹直向北流動，在郭謙附近開始分流，主要控制三肇坳陷南部的茂興、肇源、肇州、徐家圍子、長春嶺、朝陽溝、榆樹林南部的沈積。
保康水系:河流自護方向流入盆地後向東北方向流動，主要控制甘岸隆起以東地區的沈積。邊緣窪地填平後，在短時間內越過隆起，分別流入北部和東部的白城水系和懷德-長春水系。
白城和瀛臺水系:是壹系列分散的短河流，古水流從白城向東，影響大安和長垣以南。
齊齊哈爾水系:發源於齊齊哈爾，向東南流動，在太康南部匯入訥河水系。
在這六大水系中，訥河-依安、拜泉-青岡和懷德-長春是三大歷史悠久的水系，是這壹時期控制松遼盆地沈積的主導水系。洪水期，湖泊擴張，盆地外圍的河流進入湖泊，形成三角洲沈積。隨著三角洲的進積，湖泊被填平、消失，盆地周圍四面八方的河流在窪地中心匯合，掉頭向東流出盆地。