後來桓玄自立為帝，劉裕奮起反抗。他聯系各方英雄，於公元404年秋，正式開始了他的討桓行動。劉裕的軍隊只有2000人，但他們都很勇敢。舟山壹戰，恒玄的軍隊大敗。公元405年，晉安皇帝司馬德宗回到建康，被任命為大臣，在平版印刷方面有很大成就。劉裕被任命為都督昌、荊、徐等16州的武官，成為政府官員。
公元409年初，南葛炎榮超的第二眼兵入侵準北，殺害東晉朝廷官員，搶劫財物，掠奪百姓。劉裕正在尋找建功立業的機會，於是請求北伐南燕。劉裕從建康出發，派兵包圍南燕都城光谷(今宜都西北)。南燕的君主榮蓉急了，向後秦請求增援。已故的秦王姚興派使者去晉軍大曹見劉裕，說:“燕和秦是友好鄰邦。如果妳壹定要逼燕，我們也不會坐視不管的。”劉裕聽了使者的話，笑著說:“妳回去告訴姚興，我想休整三年後滅燕，再滅妳。想象壹下妳願意送貨上門，那就來吧！
使者走後，有人問劉裕:“妳這樣做，恐怕會激怒姚興。萬壹池真的進攻了呢？”劉裕忽然道:“俗話說‘兵臨高速’。如果他們真的要出兵，就會偷偷出兵。為什麽他們會先派人通知他們？這只是姚興在虛張聲勢。他連自己都管不了，怎麽救人？不出意外，劉裕來不及出兵教訓南燕。不久，劉裕消滅了南燕。朝廷命他擔任青海、河北刺史，並允許他相機行事。換句話說，他可以自己做決定，不需要問法院。
不久，魯迅在廣州反叛金，劉裕領兵南下廣州。在劉裕的嚴密監督下，東晉官兵積極作戰。劉裕帶著他4歲的兒子劉義隆到前線保護自己，鼓舞士氣。士氣高昂的東晉士兵打敗了魯迅的軍隊。東晉時朝廷在劇中加了劉裕為圖書管理員，黃成。從此，劉裕正式執掌朝政大權。他把它帶到晉恭帝面前，讓他抄寫。恭帝欣然上書，書為“信”。劉裕在南方築壇，登基，國號宋，為。劉裕改元為雍初，定都於建康(今江蘇南靖)，改秦歷為雍初歷，廢帝公瑾為零陵王。次年六月，劉裕派人下毒，開了殺退位者的先河。至此，歷時104年，共有11個皇帝的東晉結束，南北朝開始。劉裕執政時比較開明，減了稅，赦免了奴隸兵。當了兩年皇帝，劉裕於公元422年去世，享年59歲。