錢熠告訴雲居寺“重建走廊，而不是建立壹個和尚的修道院，並使西方的廚房煥然壹新”。當時，長香城的怡景院、李河的靈巖寺、開陽開化寺都請錢熠做祖師。
1215年，蒙古軍隊進攻遼中都城，大元統壹後，雲居寺得到了元朝統治者的重視。
1315年，元仁宗命令朝廷官員董阿健親自前往涿州朝覲，並順道到雲居寺查看石經。明朝東阿回京後，邀請將大量經法藏於雲居寺。
元代，在元文宗和元寧宗統治期間，雲居寺進行了大規模的修復，並於1332結束。
1341年4月，朝鮮高僧月輝修復了石景山華嚴殿，並在殿內補了五部破損的經書。
明朝開國之初，明太祖朱元璋於1388年派著名高僧道衍到雲居寺視察。道衍被隋景萬刻經的創舉所折服，在華嚴堂的石壁上題寫了《石景山》這首詩。
1428年，道教北方全真教和南方正壹派代表陳和模仿佛經，收集了道教玉皇經等4部石刻8塊，送到石景山藏於第七窟。
1393、1444年，明政府大規模修復雲居寺。明朝永樂年間，中天竺高僧桑野巴拉修復了東裕雲居寺，改名為“東裕觀音寺”，並成為該寺住持。
桑巴巴拉是第壹位在中國佛教寺廟擔任住持的印度僧人。1405年，他率領各國使節向明政府進貢，在南京受到永樂皇帝接見。他被封為“西方佛教大師”，並獲準自由傳教和修行。
之後，桑野巴拉住在北京崇恩寺，在內府教官員梵文。很多王公大臣都投他的票，把頭發剪成了和尚。他還在1436大修了重恩寺。
桑巴巴拉死後，塔葬於東域雲居寺附近的金香露山青峰嶺。桑巴巴拉傳播秘密的大乘佛教。明確了永樂年間桑巴巴拉重修東於寺後，東於寺住持李提幹子洛、西於寺住持陳提西裏均為桑巴巴拉弟子，從而開創了印度僧人為中國佛教寺院住持的先例。
1592年，五臺山壹代高僧到石景山雷音洞參加法會，發現洞內已癱瘓，石經薄蝕，雷音洞內石頭下的石函中還升起三塊肉舍利。於是，在明朝李彩鳳太後等人的財力支持下，鎮克大師贖回了骨頭塔和香樹寺，並為香樹寺購置了500畝的下莊。
此外，真克法師還把雲居寺東西兩方的住持、執事召集在壹起，進行嚴明訓誡，重申戒律，然後清理規矩。
在明朝萬歷年間末至天啟、崇禎年間，吳興薩滿真說服了葛壹龍、趙、、董其昌等在京的南方官僚，將佛經刻在北京登勢寺的小石碑上，再送往石景山保管，共計10余部經卷。在雷音洞的左邊開辟了壹個新的洞穴，這些石刻經文就藏在裏面。
1631年初，明代著名書法家董其昌在新開的山洞中題寫了“寶”字，因此該洞也俗稱“寶洞”。
至此，延續千年的房山雲居寺石經雕刻告壹段落。
清代雲居寺改為林佶正宗寺，代代相傳，1672年終於迎來了世伯方丈。英博法師後來被尊為雲居寺的始祖。
據師傅自述，他七歲時被父母送到天仙寺，後在北京民眾寺給了腳環。他受天津如來庵的達波和尚啟發，40歲入雲居寺。
博大師是清朝康熙年間的壹位著名僧人，遠近聞名。有壹次康熙皇帝親自詢問他的法力，給了他30兩白金。
在英博大師的主持下，雲居寺修復和新建了200多座寺廟、禪堂、茅舍和廚房，修繕了西域寺、東於寺、唐萌寺、雲居寺雙塔、譚潔、石景山藏經洞、風暴經臺等建築。
此後，再次開山的第二代童淵法師繼承了大師的遺誌，雲居寺重建工程於1698完成。
童淵的弟子們又開了第三代山，把林佶的真實性傳到了第三十五代。陳大師也是壹代成功的方丈，移悲大壇，修雙壁僧舍，建藏經閣。
雲居寺興盛的時候，正是清康乾的鼎盛時期。後人將雲居寺稱為清朝前三代即童淵、陳辰、廣泰之後的“三公”，將其遺體安放在三座類似的土蓋塔中，均為東座，石蓋鬥座，土蓋塔，塔閘為十三天寶承塔，高7米，並列於雲居寺。