1992年8月，經廣東省人民政府批準，揭陽經濟開發實驗區(經濟管理區)成立，隸屬榕城區。揭陽經濟開發實驗區轄玉湖鎮和新安、梅峰、靖港三個街道。
1994年5月經廣東省人民政府批準，設立東山行政區(未合並區)，隸屬榕城區。東山區轄東升、東陽、東興、盤東鎮，設立東山管委會。
1999，榕城區轄5街2鎮(榕華街、新興街、中山街、西馬街、榕東街、仙橋鎮、梅雲鎮)；東山區管委會轄3個街道(東升街道、東陽街道、東興街道、盤東鎮)1鎮；揭陽經濟開發實驗區轄1鎮(新安街道、梅峰街道、井崗街道、玉湖鎮)。
2002年，榕城區轄7個街道(榕華街道、新興街道、中山街道、西馬街、東山街道、榕東街、潘東街道)和3個鎮(玉湖鎮、仙橋鎮、梅雲鎮)。
2003年，榕城區撤銷仙橋、梅雲鎮，設立仙橋、梅雲街道。仙橋街道管轄原仙橋鎮行政區域，街道駐原仙橋鎮政府；梅雲街道轄原梅雲鎮行政區域，街道設在原梅雲鎮政府駐地。
2009年底，榕城區面積183.25平方公裏，轄新興、榮華、中山、洗馬、東陽、東升、東興、榕東、潘東、仙橋、梅雲等1個街道、1個鎮、35個社區、1個鎮。區政府位於新興街道望江北路。
2012至12揭陽市榕城區潘東街道劃歸新設立的揭東區管理，揭東縣帝都鎮、炮臺鎮、鄧剛鎮劃歸榕城區管理。2013年，榕城區轄10個街道(新興街、榮華街、中山街、西馬街、東興街、榕東街、仙橋街、梅雲街、東升街、東陽街)；4個鎮(玉湖鎮、炮臺鎮、帝都鎮、鄧剛鎮)。