萬歷初年，陳琳先後平定了叛軍高官鄧勝龍、揭陽山賊鐘月全，於是升任署任、兩廣司事。萬歷二年(1574)三月，因張元勛部李攻打潮州府賊寇大敗，巡撫尹正茂暫授陳琳將軍之職，讓陳琳統率大軍。朱良保被平定後，陳琳被授予肇慶遊擊將軍，調到高州當將軍。萬歷四年(1576)十壹月，陳琳跟隨巡撫淩征討落龐山瑤族，被提升為副都督。不久，賊匪殺官殺民，陳琳奉命平定。這個時候東安剛剛安定下來，陳林蓋了很多樓，建了寺廟，伺候下屬，勒索錢財。士兵們都被激怒了，於是暴動爆發，郡縣被搶。他們由羅扮演，經巡撫建議，朝廷剝奪了陳琳的官職。暴動平定後不久，陳琳被任命為狼山副將軍，不久又被革職。陳琳被罷官後，朝廷很多人雖然珍惜他的才能，卻不敢推薦他。
萬歷二十年(1502)，日軍侵朝，陳琳因熟悉日軍戰術，被提拔加入姬神第七營。不久後，他被提升為副連長，協助保衛虞姬鎮。
萬歷二十壹年(1503)，正月，奉命率領甄姬鎮、遼陽、寶鼎、山東等地軍隊抵抗倭寇，保衛海防，任南澳鎮副司令，二月離開。當時朝廷正準備與日本媾和，於是派陳琳幫忙防守漳州和潮州。陳琳向兵部尚書石興行賄，被石興揭發，被免職。萬歷二十五年(1597)，明日和談失敗，陳琳被重新啟用，指揮五千粵兵支援朝鮮。
萬歷二十六年(1598)，陳琳被提升為日本帝國連長，與馬圭、劉戈壹起統率軍隊。他的部下駐紮山海關時大吵大鬧，陳琳受到譴責。不久，他奉命提督水軍，與馬圭、劉幹、董義元分頭前進，率領壹萬三千余名士兵，數百艘戰船，分布在中清、全羅、慶尚的海口。陳琳的水軍成功阻止了日軍的海上行軍。豐臣秀吉死後，日軍撤退，陳琳命令部下鄧子龍和朝鮮將軍李舜臣在玉峰路截擊敵軍。結果兩人都死了，陳琳派陳蠶和率軍支援，打垮了敵人，日軍大敗。就在這時，劉蓋進攻小西行長的軍隊，巡撫的軍隊退守順天城，陳琳西進，消滅了七八百艘日軍船只，淹死了兩萬多日軍。他打敗了日本首領石漫子，活捉了日本帥平成和平正修，處死了他。還在順天與明軍陸上夾擊日軍，取得呂梁海戰的徹底勝利。
日軍退守金山防守，明軍挑戰，日軍不戰而降。不久，日軍渡海躲進B山，險峻險要，明軍不敢前進。於是陳林帶領部隊夜間潛入，包圍了山洞。天亮時，敵人放了槍，驚慌地逃到了山的後面。陳琳的軍隊與日軍激戰，日軍節節敗退。陳琳分兵追擊，消滅了敵人。懸賞後，陳琳第壹，劉勰第二，馬圭第三。於是，陳琳被提拔為代都督、代都督。陳琳退守明朝疆域，恰逢攻克亳州，於是朝廷任命陳琳為湖廣連長，從偏橋進軍，指揮陳亮部從龍泉進軍。
萬歷二十八年(1600)二月，陳琳大軍與亳州叛軍首領楊朝東交戰，賊軍大敗。陳琳安撫苗人後，進入隴西，得知敵人有埋伏，命令遊擊陳策持火器出擊。賊軍居高臨下，陳林勇猛。於是陳林招募敢死隊跟隨總經理吳應龍等人強攻。賊軍逃到山頂，夜裏逃到元，第二天被陳琳的軍隊打敗。至此，四大品牌的混混全部被消滅。3月15日，陳林得知盜賊先在七牌野豬山紮營，如尤、謝朝峰、石生峰等。，於是他連夜向苦蓮坪進發。在兩面夾擊下，敵人逃入深山老林，於是陳林進入了庫才關。聽說童淵鎮在烏江被打敗，他很害怕，要求撤退，但被總督李華龍拒絕。陳林於是大步走進楠木橋。當時所有的歹徒都聚集在青蛇、長坎、瑪瑙、包子四個倉庫裏，地形十分險要。於是陳林先攻了三間庫房，再攻青蛇倉。後來，陳亮的部將也來接見他。陳林讓他埋伏在店後，另派壹軍守著板角，以防敵人逃跑。經過三天的努力，他攻占了店鋪，並出重金收買不怕死的人從瑪瑙後面爬藤蔓到山後面去拍攝。於是賊軍大亂，明軍大打出手，消滅了七牌匪。
陳琳隨後兵分六路，攻克三渡，直奔海龍墩。眾將攻海龍墩前，安陳江攻後。戰局僵持了40多天。安陳江的人也接受歹徒的重禮和賄賂，並將火藥秘密交給歹徒。陳琳知道後，陳江撤退了三十裏。陳林還把部隊轉移到其他地方，在十幾尺的距離上放置了100多塊鐵板，使得匪徒的強弓箭毫無用處。陳林把竹子砍成箭板，放在柵欄前。土匪每天晚上出來作亂，被竹箭板捅了，不敢再出門。楊應龍已經忍無可忍，和他的人壹起哭了。李華龍曾命令他們輪流分頭進攻。
6月6日，陳林、光武攻打海龍墩。陳林在傍晚四點派士兵帶著竹木片上山。趁土匪睡覺的時候，把守關的土匪打死，立白旗，開炮。匪徒們倉皇逃竄，小偷楊應龍自焚身亡。至此，亳州之亂被平定。萬歷三十五年(1607)五月，改派鎮守廣東，死於官位。壹是因平定亳州有功，被封左都督、世襲都督。後因平定苗人有功，賜太子太保，再次封為百戶。給其“祭葬”(國葬的壹種)，葬於廣東省雲浮市雲安縣六都鎮蓮花山。萬歷皇帝還準許在陳琳的故鄉廣東翁源龍田村修建“龍田城”，城內有“太保祠堂”和“太保祠”。