明:泗州轄五河縣、洪縣、盱眙縣、天長縣，屬淮安府，後屬中壢府、鳳陽府。
清朝:行政區劃分為省、州、縣。順治在位時，轄盱眙、天長兩縣。康熙19 (1680)年，水漫泗州城，千年古城不在水中。國政之初，堅守城堤，後置於盱眙。雍正二年，泗州升為直隸，屬五河。乾隆四十二年(1777)，泗州遷至洪縣洪城(位於漢代五河縣西部，後廢棄，洪縣於唐代遷至夏秋，即今安徽泗縣)，並入泗州。洪縣改稱泗州市，洪縣稱洪鄉，泗州擴大。
另:明朝南直隸包括今天的江蘇、安徽兩省。清順治二年改江南省，康熙六年(1667)分江蘇、安徽兩省，後泗州屬安徽。