1.診療範圍不同:結直腸肛門外科是普通外科的主要分支之壹，主要包括結直腸和肛門的良惡性腫瘤，而肛門外科是治療發生在肛門和大腸的腫瘤的主要方法。
2.治療方法不同:結直腸肛門外科采用微創方法治療常見的肛腸良性疾病，如環狀混合痔的微創治療、肛裂側方松解術、肛周膿腫壹次性根治術等，而肛門外科則以手術治療為主，針對不同的疾病采用不同的手術方法，如早期腸癌采用TEM手術，腸癌采用腹腔鏡手術。
3.不同種類的疾病:結直腸和肛門外科治療的疾病包括痔瘡、肛裂、肛門弛緩、肛周膿腫、肛門乳頭狀瘤和肛隱炎，而肛門外科主要針對發生在肛門和大腸的腫瘤、外傷等疾病，其中腫瘤疾病包括痔瘡、肛瘺和肛裂。