公元537年(梁大同三年)，薩滿法師檀玉請佛從府南(柬)返穗，得聖旨後，在包寺正殿前建佛塔。此塔為四角形六層木塔，塔下有舍利子，塔內外繪有佛教插畫，稱為“莊妍寺賜寶佛塔”。
公元650年(唐永徽元年)，經過100多年的風雨侵蝕，寺塔的梁柱已經損壞。壹天，佛塔祥光顯現，震驚羊城百姓，信眾蜂擁而至觀看。石光、邵兩朝統帥李燧，邀請流散大夫、廣州府知府石某、將軍魏明等，拜訪番禺知府等，並到廟中拜謁佛教高僧寶輪，商議升修佛塔事宜。經過精心的組織和建設，佛塔得到了修復和重現。
公元675年春(唐高宗上元二年)，王波離開家鄉江州龍門(今陜西河津)，前往交趾(今越南)探望父親(其父傅疇曾為交趾令多年)，十壹月抵穗。包寺開法會時，有僧人請他寫下三千多字的“廣洲包寺佛塔碑”碑文。
公元917年，南海國王公劉稱帝，國號大嶽，定都廣州。次年，改稱漢(史稱南漢)，國號甘衡，升廣州為興。南漢君主信佛，保寺改名為長壽寺。因是劉宗室女子出家修行之所，故仍稱佛塔。每到上元和中秋節，人們爬上寶塔點燃蠟燭，掛燈籠(稱為“月亮燈”)來預示壹個豐年。
公元971年(宋開寶四年)，南漢滅亡，長壽寺、佛塔毀於火，歷時百余年。
988年(北宋端公元年)重修寺廟，供奉曹溪六祖原型銅像。寺於端公二年重修，改名“靜慧寺”。當時寺內有六棵古榕樹，在民間已被稱為“六榕寺”，但這只是“俗名，非寺名”。
公元1086年(宋元年)，凈慧寺住持德朝和尚集資重修佛塔。與鳳翔縣寶坻縣原首席簿記員、南海人林秀菊、本縣信眾王渠等討論佛塔重建事宜。他們根據“方井、圓泉、錯落景”的碑文和“圍九古井”的民間說法，找到了舊塔的基座，重建寶塔。當時藏在梁代建塔裏的舍利子被挖掘出來，至今仍藏著。紹聖四年(公元1097年)六月三日，佛塔建成，僧人請常到寺中拜佛的宋皇叔、康州(今廣東德清)刺史趙爽撰書《重建廣州凈慧寺塔》。新塔為磚木結，八角形，外表九層，內部為暗層17層。每層樓的內外壁都設有神龕，供奉搶了千佛造像的先賢，故稱“千佛塔”。
公元1100年(北宋傅園三年)，大文豪蘇東坡從海南回到北方。他途經廣州參觀該寺時，應僧人和道士的要求，為該寺題詞。當他看到廟裏的六棵榕樹，綠意盎然，盤根錯節，氣勢非凡，便高興地寫下了“六榕”二字。
公元1358年(元至正十八年)重修佛塔，塔身鑄有壹根9.14m高的青銅柱，柱身鑄有1023尊佛像和壹幅祥雲天宮塔圖。再加上塔頂的火紅寶珠，三層九寶盤，九層寶輪，壹層雙龍寶盤，八條鐵鏈，就形成了重達5噸的寶塔剎。
1373年(明洪武六年)，寺廟面積的壹半變成永豐倉。此後山門改為朝東，廟的面積逐漸縮小，而六棵古榕樹也因廟被砍而在廟外(原來的凈慧寺規模相當大，占地很廣，山門朝南，“水平方向兩裏有余”)。
公元1375年(明洪武八年)，寺僧簡悅等對元末明初受損的寶塔殿進行了重修，在塔東以東修建了黃覺殿(此殿在此後的600年間作為正殿使用，但在文革中被毀)。
1395年(洪武二十八年)，凈慧寺壹度並入西禪寺，六祖銅像後移至西禪寺[*]。
公元1411年(明永樂九年)，凈慧寺重修，和尚從蘇東坡身上刻了“六榕”二字，掛在寺門上。此後，凈慧寺被稱為六榕寺，佛塔被稱為六榕塔。此後在明正統、嘉靖、萬歷、天啟、清乾隆年間重建(清初劉榮寶塔修復後，因其檐壁為檁形，紅綠白黃，相映成趣，日出而作，日落而息，賞花而作，故又稱“花塔”)。
公元1856年(清鹹豐六年)，塔頂因臺風倒伏在地。
公元1874年(同治十三年)，清皇室從海防經費中撥出巨款，進行大規模修繕。
公元1875年(清光緒元年)，獻縣同年建寺後，重建完成千佛塔，寫下了重建劉榮寺塔的故事。
公元1900年(光緒二十六年)，清廷任命劉榮寺方丈鐵禪為粵僧計劃主任。
1912年(民國元年)，國民政府廢除僧官制，成立廣東省佛教協會(劉榮寺舊址)，鐵禪升任會長。同年5月，孫中山先生辭去臨時大總統壹職，回到廣州。鐵禪組織廣東佛教界人士在劉榮寺舉行盛大歡迎會，支持國民革命。孫中山先生寫了壹本題為“自由、平等和博愛”的書，並把它贈送給劉榮寺。
公元1913年(民國二年)，鐵禪和尚帶領四位弟子將西禪寺六祖慧能銅像迎回華僑祠數百年，建六祖堂作為祭祀。補種了四棵榕樹(六棵古榕樹中有兩棵保存了下來:壹棵在東坡精舍後面，福泉新街後面；壹個是在寺廟東邊的老平南宮。)，建榕亭，在東坡上建精舍，立“曹溪法如”牌坊，收集散落在太湖外的奇石“朵雲”。
1915年(民國四年)，廣州地震震裂了塔的內壁和千佛銅柱。(1915-1935，廣州共記錄到7次地震，其中兩次發生在1915和1918。)
1921年(民國十年)，市政府在劉榮寺東開辟華塔街(今劉榮路)，並削寺東建凈慧園，再次縮小了寺內面積。
1931，花塔改建，鋼筋混凝土加固。
1935(民國24年)四月，舉行重修花塔儀式，佛家梁題寫“重修寺花塔”。
1938(民國27年)10年6月，侵華日軍入侵廣州，鐵禪在番禺、佛山避難。
1939年(民國28年)6月，日本偽政權派人強行將鐵禪接回劉榮寺，並任命偽政權佛協負責人。
1946(民國35年)，抗戰結束後，鐵禪欲隱退，發函請乳源雲門寺住持徐雲接掌劉榮寺。後來，鐵禪因叛國罪被判入獄8年。同年秋，為紀念抗戰勝利壹周年，召開法會推薦抗戰陣亡將士。八月中旬，許赟和弟子寬鑒來到廣州接管劉榮寺，並向國民政府遞交了保釋鐵禪的信函。9月27日，鐵禪死於獄中(1939年，日偽政權派人強行將鐵禪接回劉榮寺，並任命其為偽政權佛協負責人，使其最終冤死，世人不解)。
1946(民國35年)9月17日，許雲獻上玄奘頂骨舍利，在劉榮寺設七天七夜水陸道場，推薦抗日陣亡將士。在寺北殿桃樹開花的時候，(胡的弟弟)寫了壹篇《飛桃瑞》的文章。
1948年，關建盜走劉榮所有重要財物和文物，逃往香港，其中寺內有四件珍貴文物:(1)遼代銅質的藥師佛像；(2)玄奘大師頂骨；(3)輕歸詩卷；(4)韓愈等。，被稱為“凈慧寺鎮山文房四寶”。許雲和尚發現後，立即追了回來，並被免去了方丈寬鑒的職務。明觀法師繼任方丈，明觀法師在解放前夕去了香港。
1966文革期間，除六祖銅像外，劉榮寺所有佛像被毀，寺廟全部被占為倉庫。
1979年3月，中共廣州市委批準恢復劉榮寺為宗教活動場所。
1983年，塔西重建大雄寶殿，供奉清康熙二年(公元1663年)三尊黃銅大佛。……