消化腺包括肝臟和胰腺。鯉科魚類的肝臟散在腸間的腸系膜上，因胰腺細胞混雜而稱為肝胰腺。各種魚都有不同的腎臟結構，已用於生物學研究。魚類腎小管外植體已被用作研究腎小管功能的體外模型。除了排泄功能，腎臟也是主要的造血器官。泌尿系統的末端與生殖孔混在壹起，就是泌尿生殖孔。