Lammps dump命令用法dump ID group-ID style N file args(請參考lamps文檔了解每個變量的具體含義)。
我壹般簡單用。例如，我在輸入腳本中輸入這些單詞:
轉儲5所有xyz 2000型號_change.xyz
dump_modify 5元素大小排序id格式“% 5s % 28.16e % 28.16e % 28.16e”
跑20000
簡單來說就是定義壹個dump，這裏的名字是5，all的意思是把整個模型打出來。Xyz是style，模型中所有的原子坐標都會寫入這個數據文件，生成的數據文件會有後綴。xyz。那麽2000代表每2000步的輸出。最後，model_change.xyz是我給生成的數據文件起的名字。妳可以自己定義。
最後壹句dump_modify用來跟進和調整dump命令。元素是定義輸出數據的第壹列的原子名稱。我做SiGe的時候會用兩個不同的原子，Si和Ge，所以定義壹下。因為lammps計算的時候，不同的原子內部是用數字來區分的。比如這裏，Si系統用1表示，Ge用2表示。如果不定義元素名，那麽系統(我猜)每行會輸出1 x y z或者2 x y z。現在，如果定義元素，將輸出Si x y z或Ge x y z(x y z代表原子的三個空間坐標值)。那麽sort id就是讓系統在每次輸出模型的時候把所有的原子按順序排列好(lammps會給每個不同的原子壹個不同的原子id)，然後打出來。所以在最終的數據文件中(每行是壹個原子的信息，第壹列是Si或者Ge的種類，然後三列對應三個xyz空間坐標)，每行的順序是按照原子id從小到大排列的，這樣統壹排序不會亂，方便後期處理。之後format就是用戶自定義的輸出精度，可以自己改。
定義後，運行20000步後，每2000步輸出整個系統模型中所有原子的坐標位置，得到10幀，加上0時間步的壹幀，總共***11幀。然後用專門的軟件打開數據文件就可以看到三維模型了。我壹般用壹個叫VMD的免費軟件，是美國伊利諾伊大學(UIUC)的壹個研究小組開發的，比較方便。
當然，還有其他更高層次的方法來看系統模型，這裏只分享我的個人經驗。