第壹，性質不同
1，國家煙草專賣局(英文名:State Tobacco Administration)，成立於1984，是工業和信息化部管理的國家局，與中國煙草總公司合署辦公。
我國煙草行業實行統壹領導、垂直管理、專賣的管理體制，全行業“人、財、物、產、供、銷、內、外、貿”集中統壹。
2.中國煙草總公司，簡稱中煙，成立於1982年6月和1年6月。其主要職責是根據國家法律和國務院的有關法規、法令、方針、政策，對所屬企業的產、供、銷、進出口業務和對外經濟技術合作實行集中統壹管理。
第二，隸屬關系不同
1.2008年，第十壹屆全國人民代表大會第壹次會議決定，國家煙草專賣局劃歸工業和信息化部管理。
2.中國煙草總公司是全民所有制企業。它是壹個農工商壹體化的全國性經濟實體，受國家煙草專賣局領導。
第三，責任主體不同
1，國家煙草專賣局
(壹)制定煙草行業發展戰略、規劃和政策，調整產業結構，促進行業合理布局。
(二)依法實施煙草專賣管理，查處違法案件，依法取締和關閉計劃外煙廠，保護合法經營。
(三)組織執行國家財務會計制度，依法對所屬企業國有資產行使出資人權利，經營管理國有資產，承擔保值增值責任，管理和監督煙草行業財政資金，組織實施煙草行業內部審計。
(四)組織煙草行業的生產經營和對外經濟技術合作，編制並組織實施年度煙草專賣品產供銷和進出口計劃，編制煙草行業固定資產投資計劃，審批煙草制品生產企業固定資產投資項目，指導工業安全生產工作，依法處理重大安全事故。
(五)提出煙草行業經濟政策建議，制定煙草專賣品價格政策，管理煙草專賣品價格。
(六)負責組織實施煙草行業體制改革，指導煙草企業改革，推進卷煙行業企業聯合重組，培育具有國際競爭力的大企業，依法審批煙草企業的設立、分立、合並和註銷。
(七)負責煙草制品減害降焦工作，制定煙草行業科技發展政策，組織實施技術創新和重大科研項目及科技成果應用推廣，負責煙草行業技術監督和質量管理，組織實施行業標準化工作。
2.中國煙草公司
(壹)根據國家中長期規劃編制年度綜合計劃，研究投資方向，編制基本建設和技術改造計劃，組織重點項目的論證和實施，檢查年度生產經營計劃的執行情況，進行全行業統計分析。
(二)以“科學技術是第壹生產力”為指導，制定煙草行業科技規劃，組織科技攻關，推動煙草行業新技術、新工藝、新材料的推廣應用，依靠科技興煙。
(三)實施國家煙葉種植、收購和調撥計劃，推廣“良種化、標準化、區域化”等科學植煙措施，提高煙葉質量，安排煙葉加工、儲存和出口。
(四)組織實施年度卷煙工業生產計劃，開發適銷對路的產品，提高產品質量，增加經濟效益，推行現代管理方法，加強企業管理。
(五)安排全國卷煙市場，組織跨省、跨地區卷煙調撥，負責業務調查和預測，開拓卷煙市場，搞好卷煙流通，滿足城鄉人民需求。
(六)組織煙草行業專用設備和原輔材料的生產供應和先進技術的消化吸收。
(七)貫徹國家外貿政策，統壹管理煙草行業的進出口業務，實行工貿、技貿結合，完成國家創匯任務。