慈雲寺位於成都平原東北部的雲頂山脈，恰好位於北緯30°的神秘地帶，北緯30° 29？10~30 57?介於465438和0之間。雲頂山位於四川省金堂縣龍泉山的中部。雲頂山景區包括雲頂山、寒潭古渡、沱江金堂小三峽、九龍灘、三雪寺、炮山、天星洞，面積67平方公裏。慈雲寺是唐代天寶年間的名稱，原名天宮寺。該寺由壹位名叫師高大師的外國人所建，他曾是壹個利益國(今伊朗)的王子，轉世為師高大師。在佛教東傳的過程中，安世高大師和達摩祖師是中國佛教史上最著名的海外僧人。
彰武元年，劉備派劉禪到雲頂山學習佛教、音樂、文學，並下令建寺，由此創建了天宮寺，也就是今天的慈雲寺。
慈雲寺歷經歷代修改修建，名稱幾經變更。魏文帝年間，邵碩長老重修山寺，改名為青秀寺。在唐高祖的早期，它被重新命名為古代天宮寺。唐玄宗幸蜀，賜王頭陀李氏，改名雲頂慈雲寺。寺內僧人多達3000人，是唐代十大寺院之壹。到宋高宗慈祠就是祥符寺。元世祖給蜀中高僧袁遺上了壹堂香福園的課，把它改名為護國朝天寺。明朝改慈雲寺，明末清初毀於兵。清康熙七年(1668)，由僧人朱彜重修。乾隆年間(1736 ~ 1795)，由香坊重修。嘉慶年間(1796 ~ 1820)重修山門，並於光緒十二年(1886)修建羅漢殿，規模為十殿四樓三廳兩園壹方四室。
國民革命時期，慈雲寺曾是中國著名的佛學院，國民黨行政院院長是佛學院院長。
改革開放後，實行宗教政策，雲頂山被恢復為禪林凈土。經過全寺僧人的不斷努力，才有了我們今天看到的慈雲寺。現任住持是佛教高僧釋普空。