然而令人驚訝的是，牛頓最近四十年的生命力從研究科學變成了研究神學。他為什麽這麽做？
牛頓認為，在三維空間中，天體按照萬有引力定律運行，但這並不能證明上帝不存在，因為萬有引力是上帝創造的。當上帝創造萬物時，他為萬物的運行制定了規則。那麽，牛頓為什麽要提出這樣壹套理論來為神學辯護呢？
首先，牛頓想不通宇宙是如何起源的。其實在愛因斯坦提出相對論之後，就有了比較有說服力的大爆炸理論。在此之前，沒有辦法解決，只能相信世界是上帝創造的。
其次，牛頓是在環境的影響下出生的。他的繼父是牧師，他所受的教育是宗教教育。在大學裏，他去了壹所關於宗教的學校，目的是畢業後成為壹名牧師。所以牛頓直到晚年才開始信仰神學，而在很小的時候就開始信仰神學。那時候相信聖經和科學研究是完全矛盾的，因為哥白尼和伽利略那時候也是信教的。