截至2020年6月,海門區轄海門街道、濱江街道、三廠街道、三星鎮、臨江鎮、海永鎮、常寶鎮、長樂鎮、悅來鎮、魚洞鎮、四甲鎮、於正鎮3個街道9個鎮,共63個居委會,230個村委會。
海門區地勢平坦,溝渠河流縱橫交錯,平均海拔4.96米。地勢西北略高,東南較低。西部最高點海拔5.2米,東部最低點海拔2.5米。南北斷面呈孤形,兩端低中間高。
海門區屬於北亞熱帶季風氣候區,四季分明,雨水充沛,日照充足,無霜期長。海門區河流溝渠縱橫交錯,呈網狀分布。東西走向主要包括桐廬運河海門段和通啟運河海門段,南北走向主要包括新江河海門段。