法藏寺建於公元905-907年，由唐代高僧定慧創建。據法藏寺遺跡記載，定慧僧在單晶山修行，壹天晚上，他發現鳳凰山鳳鳴村上空金光閃閃。這種吉祥的局面持續了好幾天。打坐的最後壹天晚上，達摩祖師出現，告訴丁慧去鳳凰山弘法。決定之後，他開始號召四位祖先燒香祈福。
明朝智中的壹天，禪師晚年來到彭州，到托米安長期居住，並擔任方丈。他在擔任方丈期間，修建了造型奇特的亭子；當時出現了震驚全國的“搖亭碑鳴金鐘罩”奇觀。此事發生後，皇帝得知，明太祖朱迪欣然上書《明授古寺》，贈九龍金碑。明朝永樂四年，彌陀寺改名法藏寺。“法藏”包含西天阿彌陀佛成佛之前法藏比丘的意思；法藏寺是壹座罕見的以法藏命名的寺廟。歷史上，法藏寺的住持多為定慧禪師、白牛和尚、月光長慧禪師、法音禪師等以佛門憑據聞名的高僧大德。