關於九龍廟的起源，眾說紛紜。據縣誌記載，河津在秦朝時叫皮市縣，縣城位於孫村東南，北對龍門(禹門口)。風水先生說龍是皇帝的象征，龍門象征皇帝的大門，縣門不能對著皇門。所以不允許皮實縣開北門。北門壹開，就要造反，還是真龍太子。
此後歷代沿襲，龍門縣、河津縣無北門，東城墻上只能開兩個門，縣城仍為四個門。北魏太平真君七年(446年)，皮石縣被沙壓淹沒，故東遷1.5km，改皮石縣為龍門縣。後來，為了辟邪，九龍山相繼修建了寺廟，如王宇寺、雷公寺、王耀寺、山寺、帝君寺、黃三寺、天神廟等。唐武帝元年(690年)，唐武則天皇後改國號為周，正式成為皇後。今年秋天，她回到家鄉(太原)文水縣祭祖。她從長安出發，經過韓城，過了禹門口，在龍門縣歇息。晚上，她發現龍門縣城北有幾千條路，不明白是什麽原因。縣令答道:“這是城北的幾座小廟。晚上放出奇燈迎接聖駕，是吉祥之兆。”武則天聽了非常高興。她信佛，於是將中殿改名為龍闕寺，並要求國庫撥款擴建寺廟。
北宋宣和二年(1120)，梁山伯英雄宋武及其遷都的時間，放火燒了龍闕寺，龍門知府上報朝廷。信奉道教，自稱“道君皇帝，道教創始人”的宋徽宗得知龍闕寺與梁山伯有關，害怕龍門生出真正的龍帝，於是將龍門縣改為河津縣，龍闕寺改為真武寺(即玄武寺)。玄武是中國古代神話中的北方四神之壹(古稱左青龍、遊白虎、南朱雀、北玄武)，後為道教所信。相傳他原是景谷靜樂王的太子。他生來就有兇靈，遊歷東海。當他被神靈賜予這把劍時，他去了湖北武當山修行。經過四十二年的努力，他在白天崛起，成為了衛鎮北的玄武王。
北宋時期(1008-1016)，宣武因避諱改為真武。他在宋真宗時被尊稱為“真天真武陵應聖帝”，簡稱“真武大帝”，史稱“真武大帝”。因為真武大帝的生日是在農歷三月初三，而他升天成仙是在農歷九月初九，'每年三月三日和九月三日在真武廟舉行盛大的廟會，河津周圍的居民在九龍廟燒香紀念真武。後來到了元慶元年間(1312)，河津縣再次被汾水淹沒，後遷到北方的伊犁高泰(今老城)。壹些信奉道教的人跟隨永樂宮朝拜呂洞賓，先後捐資修建了崇文閣、春陽洞(即紀念呂洞賓的呂祖洞和呂洞賓的春陽子)、黃三洞和春陽子洞。真武大帝被稱為“無量祖師”，呂洞賓被稱為“春陽祖師”，所以九龍廟也被稱為祖廟。
舊方誌和碑刻中對九龍廟中的神沒有明確的記載，但民間傳言各有說法。據說九龍聖母院是晉祠聖母院的九妹。她年輕的時候很懶，她姐姐很生氣。她說:“如果妳以後成了氣候，我就臉朝後看妳……”每年農歷七月十壹是九龍廟會。古時候習慣把晉祠聖母院擡到九龍廟，好像姐妹會似的。到時候，壹定要讓晉祠後面的聖母院進階到九龍廟。據說如果不這樣，轎子會斷的，晉祠的九龍廟和聖母廟都是宋初修建的，所以兩個主神據說是姐妹。也有人說是東嶽皇帝黃的女兒。看看九龍廟裏的神像布局。中間是袁俊九龍聖母院，兩邊是廣絲孫聖母院和隱形的痤瘡聖母院。應該是道家人物。黃的女兒泰山皇後，被稱為“仙女的處女”，盛行於宋至明清之際的全國各地。有人在全國各地廣建此廟供奉，說此廟是黃之女，故可備之。還有壹種說法是，九龍聖母院是繼北齊高歡的妻子神武之後的婁昭君。北齊幾代國王常年往來於晉陽和鄴城(北齊首都，河北臨漳西南)之間，所以設立神龕供奉婁昭君。據北齊《神武樓傳》記載，婁昭君出生時有壹首童謠叫《九龍媽媽》；舊地方誌記載:“石破廟是北齊武明樓的慈禧太後...慈禧太後久居晉陽，覺得住在那裏受益匪淺，所以建立了這座寺廟。”